Arbre parenthésé -> dot

Description

Conversion d'un arbre parenthésé au format treefile du programme phylip (The Newick format),
en un fichier au format '.dot' pour les programmes 'dot' et 'neato' de graphviz.
(Voir la page de conversion d'un Arbre au format parenthésé Newick).

Exemples

[Exemple] pour écrire l'arbre parenthésé, tel qu'il est donné dans le fichier 'treefile' du programme 'phylip'.
[Cherche] permet d'obtenir le graphe au format .dot pour 'dot' ou 'neato'. Recopier celui ci dans un fichier ('phylogeny.dot' par exemple).
Si l'application 'neato' est installée sur l'ordinateur, effectuer dans une xterm :
neato -Tps -o phylogeny.ps phylogeny.dot
Voir le fichier 'phylogeny.ps' à l'aide de Ghostview. Essayer aussi d'autres formats
neato -Tpng -o phylogeny.png phylogeny.dot

Autres exemples :

(a,b,c,(d,e,(f,g),h));
(a1,b:1.5,(c:1,d:2,e:3,(((f:1,g:2)))));
bouquet.
Remarque : les feuilles vides seront nommées Ø, "Ø 1", "Ø 2"... pour ne pas êtres confondues par Neato et Dot.

Arbre parenthésé

Arbre

Installation

Vous pouvez récupérer latest.tar.gz ou latest.zip qui créeront un dossier 'n2d-*.*' au moment de leur décompression.
Pour installer Graphviz et l'utiliser sous Windows lire ceci.

Références, liens

Arbres phylogénétiques

Phylogeny Programs Phylip page, The Newick tree format

Centre de Ressources INFOBIOGEN

Graphviz et les logiciels dot, neato

The CompLearn Toolkit Rudi Cilibrasi

Ghostscript et Ghostview pour MS-Windows pour voir et imprimer les fichiers postscript.

Gv pour voir et imprimer les fichiers postscript sous Unix.

NEWICKTREE newicktree is a LaTeX package that allows the easy drawing of Newick (New Hampshire) format phylogenetic trees, by providing a high level interface to the PSTricks package. On this page you will find links to the newicktree program file, its documentation, installation instructions and contact information. Developer: GEORGE SAVVA.