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Mathématiques, musique et relations avec d'autres disciplines

  

Arbres phylogénétiques - Phylogenetic Tree



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Conversion de format (parenths Newick --> .Dot)

Animaux


GROUPES - GROUPS

<http://monod.uwaterloo.ca/>

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PAGES WEB

INRP - Guillaume Lecointre, MNHN
Construction d'une classification phylogénétique
<http://www.inrp.fr/Acces/biotic/evolut/parente/html/arbphyl.htm> <http://simulium.bio.uottawa.ca/bio2525/Notes/Classification.htm>
is a formal set of rules governing phylogenetic nomenclature. It is designed to name the parts of the tree of life by explicit reference to phylogeny.
Philip Cantino
<http://www.ohiou.edu/phylocode/> <http://www.infobiogen.fr/>
Hannes Luz dkfz Heidelberg
<http://www.dkfz-heidelberg.de/tbi/bioinfo/Phylogeny/Additive/index.html#Top>
Construction of a distance tree using clustering with the Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean (UPGMA).
<http://www.icp.ucl.ac.be/~opperd/private/upgma.html>

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PAGES PERSONNELLES - HOME PAGES

<http://homepages.cwi.nl/~paulv/> <http://homepages.cwi.nl/~cilibrar/> <http://www.math.uwaterloo.ca/~mli/>

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EXEMPLES - EXAMPLES

<http://lis.snv.jussieu.fr/~gallut/Script/>

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LOGICIELS - SOFTWARES

A phylogenetic tree viewer for Linux/Unix, Mac OS X, and Windows
Roderic D. M. Page
<http://darwin.zoology.gla.ac.uk/%7Erpage/treeviewx/>
A toolkit for graph editors and graph algorithms
<http://www.infosun.fmi.uni-passau.de/Graphlet/>
Maximum likelihood analysis for nucleotide, amino acid, and two-state data
<http://www.tree-puzzle.de/> <http://hades.biochem.dal.ca/Rogerlab/Software/software.html#puzzleboot>

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PROGRAMMES

Here are some 193 of the phylogeny packages, and 18 free servers, that I know about.
<http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html>

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OUTILS - TOOLS

Conversion d'un arbre parenthésé au format Newick (format des fichiers 'treefile' du programme phylip) en un fichier au format '.dot' pour les programmes 'Dot' et 'Neato' de graphviz.
<http://perso.wanadoo.fr/jean-paul.davalan/graphs/ph/index.html>
is a suite of simple-to-use utilities that you can use to apply compression techniques to the process of discovering and learning patterns.
<http://complearn.sourceforge.net/> <http://www.inrp.fr/Acces/biotic/evolut/phylogene/accueil.htm>

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DOCUMENTS - PAPERS

<http://homepages.cwi.nl/~paulv/selection.html>

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JOURNAUX - LETTERS

Selon la théorie de la complexité de Kolmogorov, est complexe ce qu?on ne peut représenter avec concision. Les objets du monde semblent distribués en fonction de cette complexité.
<http://homepages.cwi.nl/~paulv/news/index.php.html>
Hazel Muir New Scientist magazine 12 avril 2003
A standard PC file-compression program can tell the difference between classical music, jazz and rock, all without playing a single note.
<http://www.newscientist.com/news/news.jsp?id=ns99993602>
Kimberly Patch Technology Research News TRN
Exactly what is it about The Fine Young Cannibals that is similar to Roxy Music?
<http://www.trnmag.com/Stories/2003/042303/Software_sorts_tunes_042303.html>
Fred "zAmboni" Locklear - Ars Technica Newsdesk
<http://homepages.cwi.nl/~cilibrar/musicart/arstechnica.com/archive/news/1049956201.html>

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COURS - COURSES

Céline Brochier - Laboratoire Evolution, Génome, Environnement
<http://194.57.197.233:800/index.html/>

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TUTORIELS - TUTORIALS - TUTORS

<http://www.bioperl.org/Core/Latest/modules.html>

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SLIDES

<http://wwwcsif.cs.ucdavis.edu/~gusfield/>

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LIENS - LINKS

Cyril Gallut
<http://lis.snv.jussieu.fr/~gallut/Liens/gauche.html>

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